대학원에서는 일본에 관한 기본적인 지식을 배경으로 하여, 자신이 연구하고자 하는 분야에 관한 심도 있는 연구를 할 수 있는 인재의 양성을 목표로 하고 있다. 일어학 전공에서는 일본어 문법, 일본어 음운론, 일본어사회언어학 등, 일문학 전공에서는 일본 고전문학, 일본 중세문학, 일본 현대문학, 한일 비교문학 등, 일본학 전공에서는 일본 문화론, 일본 기업연구, 일본 경제연구, 한일 경제교류사, 일본 근현대정치사, 한일간의 외교문제 등을 다룬다. 대학원 과정으로는 학석사통합과정, 석사과정, 박사과정, 석박사 통합과정이 있다.